突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。
演员：古谷彻 潘惠子 藤田淑子 铃置洋孝 堀秀行 堀川亮 桥本晃一 水岛裕 三矢雄二 中尾隆圣 小林通孝 难波圭一 庄真由美 渡边菜生子 冬马由美 上村典子 柳泽三千代 柴田由美子 吉田奈穗 半谷君枝 村濑容子 川岛上业子 田中秀幸
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演员：田中真弓 坂本千夏 堀绚子 一城美由希 岛村佳江 槐柳二 八代骏 新村礼子 大塚周夫 菊地英博 渊崎由里子 梶哲也 青野武 仓崎青儿 仁内建之 山崎哲也 中原香织 胜田治美 丸山真奈实 渡边真砂子 新井美由记 纳谷悟朗 金田龙之介 常田富士男
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